学院高度重视科学研究工作。经过几代学人的接续努力，在喜马拉雅山地族群与区域文化、西藏地方和祖国关系史、西藏非物质文化遗产传承与保护、中华民族发展史、青藏历史地理、藏传佛教中国化、文献整理与研究、西藏考古等领域形成鲜明特色和优势，建成一批高水平科研平台，取得一批标志性成果，近年在科研服务新时代党的治藏方略领域成绩显著。

在长期的办学历程中，涌现出彭英全、文国根、张天锁、申新泰、顾祖成、陈崇凯、孙林、陈立明、索南才让等一批优秀专家学者，取得了以《明清实录藏族史料》（11册）为代表的一批标志性成果，形成了厚重的学术积淀。先后建成国家民委西藏社会经济与文化发展研究基地、国家民委中华民族共同体研究基地、西藏高校哲学社会科学重点研究基地、藏学研究所、宗教研究所、青藏高原考古研究中心等各级科研平台6个，建有博物馆、文物与考古技术实验室、西藏地方和祖国关系史展室；在西藏各地市建有10多处田野调查基地。近年，教师主持各类科研项目200多项；其中，国家社科基金重大招标项目1项，国家社科基金“冷门绝学”项目2项，国家社科一般项目、青年项目、西部项目等省部级以上各类项目80多项；出版学术专著90多部，发表高质量论文200多篇，成果荣获全国高校人文社会科学研究优秀成果二等奖、全国“五个一工程”入选作品奖、全国藏学研究珠峰奖一等奖、国家民委优秀调研报告一等奖、陕西省哲学社会科学优秀成果一等奖、西藏自治区哲学社会科学优秀成果三等奖等省部级以上奖项80多项。近年，立足服务新时代党的治藏方略、聚焦“四件大事”“四个创建”，承担各级各类横向课题20多项，累计10多份咨政成果获习近平、王沪宁、汪洋、俞正声等党和国家领导人及省级主要领导批示，充分发挥了决策咨询作用。